与常规生产相比，在有机蔬菜生产中，根部病虫害发生较轻，而叶片病虫害发生则有的减轻，有的加重。其主要原因可能是有机栽培注重轮作和施用有机肥，控制农药和化肥的施用，减少土壤翻耕，使土壤结构改善、有益微生物和动物增加，有利于对根部病虫害的控制，而叶片病虫害的主要影响因素是气候条件，受土壤的影响较小。有机蔬菜生产中病虫害的防治采用多种方法，其中经常采用的方法有选择作物种类、轮作、通风、园地卫生、合理施肥、选择播种期等，此外还采用间作、套种、合理灌溉、调整收获期、选用抗耐性品种、覆盖、设置保护盘、生物防治、种植填闲作物、建立蛇形篱笆等方法。
有机蔬菜的整个生产过程均要符合更为严格的标准，有机蔬菜从生产到加工的诸多过程绝dui禁止使用农药、化肥、激素、转基因等人工合成物质，因此其品质要优于无公害蔬菜和绿色蔬菜。同时，有机蔬菜还需要专门的认证机构根据相关标准进行认证后贴标才能作为真正的有机蔬菜销售。在质量把控方面，有机蔬菜也更加严格。
土壤是地壳表层具有三向度的独立变动自然体，其特性是土质松软、厚度不匀、色泽不一，其组成成分是固体、液体和气体3类物质。固体物质包括土壤矿物质、有机质和微生物等。液体物质主要指土壤水分。气体是存在于土壤孔隙中的空气。土壤中这3类物质构成了一个矛盾的统一体。它们互相联系，互相制约，为作物提供必需的生活条件，是土壤肥力的物质基础。