植物生产、动物生产和有机肥料生产是农业生产的三个大门类，是农业生产的基本内容和主要环节。过去，有的学者吧“微生物生产”包括农产品加工发酵，算作农业生产一个大门类。把农业和食品加工业混在一起，而把农业生产过程中数量大、分布广、功能多的农业废弃物、作物秸秆、人畜粪便的沤制处理环节忽略了，这样一来，长期以来，没有吧有机肥料的生产使用，看成一件重要的社会产业，而是把它看成一件附带的工作。喊一阵、抓一阵、放一阵，不了解农业生产过程核心的内容是：植物光合作用将太阳能转化为有机物，叫做植物生产。牲畜、禽、鱼利用有机物，生育繁殖，叫做动物生产。人和动物不能利用的有机残渣的沤制，即有机肥料的生产。这三者一环扣一环，缺一不可。没有有机肥料，植物和土壤就得不到营养和培育，必然要影响到农业生产的发展和生态环境的改善。
从理论上否定有机肥料生产的位置，在实践上必然护士有机肥料的功能。农业废弃物、作物秸秆、人畜粪尿这些对农业生产非常宝贵的东西就必然不被社会重视，致使大量有机物不能还田。其后果是土壤结构变坏，土壤生物活性降低、土壤保水保肥的能力衰退，抗逆性、可塑性减弱，一言以蔽之，这就叫做土壤贫瘠化。从生态学的角度说，这就是破坏了生态平衡。哪里有农业、畜牧业，哪里就有有机肥料及其资源。农业生产越发展，农畜产品越丰富，有机肥料的资源就越来越多。因此，有机肥料问题是一个万古千秋都存在而经常起作用的问题。有机肥料问题处理的好，它能培肥土壤、营养植物，给社会创造财富，促进农业生产的发展。反之，把作物秸秆、农副产品的残渣、人畜粪尿、任其横溢，到处堆放不仅对土壤对农业毫无好处，而且污染环境，妨碍卫生，影响人来健康。
总之，有机肥料的生产使用，是农业生产的必要环节和组成部分，农业生产的主要内容有三个，即植物生产、动物生产、有机肥料生产。