棚室内栽培黄瓜，因其产量高，黄瓜吸收土壤肥料的营养元素能力强，土壤肥力下降速率快。目前在实际生产过程中，不少菜农未能改变传统施肥观念，仍按露地栽培条件下的习惯施肥，只重视氮素化肥，而忽略了有机肥、磷肥、钾肥和微量元素肥料；或是重视氮、磷、钾等大量元素化肥，而不能增施有机肥料和微量元素肥料，致使生理性缺素症状经常发生。棚室黄瓜的生理性病害有黄瓜缺钾症、黄瓜缺镁症等。
有机肥料养分全面，肥效满但长久，养分含量低。化肥养分含量单一，肥效快且养分含量高，但会污染环境。有机肥料与化肥配合施用，施用效果要超过单施化肥或有机肥，施用时间愈长，效果愈好。化学氮肥能提高有机肥的肥效，而有机氮的存在可促进化学氮的生物固定，减少无机氮的损失。有机肥与无机磷配合能提高磷的有效性，有机肥能活化土壤中的磷，还能减少磷肥在土壤中的固定。有机肥料还能改善土壤结构，形成微团聚体，从而提高土壤肥力。实际生产时，有机肥一般作为基肥施入土壤。