有机肥一般作基肥施用。原因有两个，一是有机肥的养分供应比较平稳，可以供应果树全年的基本养分。二是可以为树体提供较全面的养分供应，尤其微量元素。若有机肥施用量较大，可以作基肥与追肥分次施用，因为一次大量施用有机肥，同样会降低肥料利用率，造成肥料浪费，增加环境污染。
有机肥的施用方式可以依据其用量确定。肥料用量大时，选用全园撒施的方式，防止肥料过于集中，不利于根系吸收；肥料用量小时，选用较集中的施肥方式（穴施、放射沟施、条状沟施等），以增加局部土壤的养分含量，提高肥料利用率。
不同有机肥，其中的养分种类（尤其是微量元素）与数量视不同的，因此，不要在同一片果园连年施用不同种类的有机肥，以微量元素的全面供应。
传统有机肥需要腐熟后施用，以避免肥料在土壤中发酵烧根。